Området til dagens Marokko har vært bebodd siden yngre steinalder

Området til dagens Marokko har vært bebodd siden yngre steinalder, rundt 8000 f.Kr., som sporene etter Capsien-kulturen tyder på, i en tid da Maghreb var mindre tørr enn det er i dag. Mange teoretikere mener berberspråkene antagelig ankom omtrent samtidig som jordbruket og ble adoptert av den eksisterende befolkningen i tillegg til immigrantene som tok det med seg. Moderne genetiske analyser har bekreftet at forskjellige befolkninger har bidratt til dagens befolkning, inkludert berbere, arabere, fønikere, sefardiske jøder og subsahariske afrikanere. Berberne, ofte henvist til i moderne etniske aktivistsirkler som «amazigh», er også kjent av deres regionale etniske identitet som chleuh. I den klassiske perioden var Marokko kjent som Mauretania, selv om dette ikke må forveksles med dagens Mauritania.
Nord-Afrika og Marokko ble sakte trukket inn i den videre oppadgående Middelhavsverdenen gjennom fønikiske handelskolonier og bosetninger i den sene klassiske perioden. Fønikernes ankomst markerte begynnelsen på et langt engasjement i Middelhavet ettersom denne strategiske regionen var del av Romerriket som Mauretania Tingitana. I det 5. århundre e.Kr., da Romerriket var i ferd med å gå i oppløsning, falt regionen til vandalene, vestgoterne og bysantinske grekere i rask rekkefølge. I løpet av denne tiden forble de høye fjellene i det meste av dagens Marokko uavhengige og forble i hendene til deres berbiske innbyggere.
Araberne ankom i det 7. århundre og tok med seg sine tradisjoner og islam. De fleste av berberne konverterte og dannet stater som kongedømmet Nekor. Landet brøt snart med de fjerne abbaside–kalifenes kontroll under Idris ibn Abdallah som grunnla Idrisid-dynastiet. Marokko ble et utdanningssenter og en betydelig regional maktfaktor.


Marokko under almoravidene
Marokko ville nå sin høyde under en serie dynastier av berbisk opphav som erstattet de arabiske idrisidene. Først almoravidene, og så almohadene, styrte fra Marokko nesten hele det nordvestlige Afrika i tillegg til store seksjoner av det islamske Iberia, eller Andalusia. Mindre stater i regionen, som Berghouata og Banu Isam, ble erobret. Imperiet kollapset etter en lang rekke borgerkriger.
Alaouite-dynastiet fikk til slutt kontroll. Marokko stod ovenfor spansk og ottomansk aggresjon. Alaouitene lyktes i å stabilisere sin posisjon, og mens kongedømmet var mindre enn de foregående i regionen, forble det ganske velstående. I 1684 annekterte de Tanger.
Marokko var den første nasjonen som anerkjente nykomlingen USA som en uavhengig stat i 1777. Den marokkansk-amerikanske vennskapstraktaten står fortsatt som USAs eldste ubrutte vennskapstraktat. Den ble signert av John Adams og Thomas Jefferson og har blitt videreført uavbrutt siden 1783. USAs delegasjon (konsulat) i Tanger er den første eiendommen den amerikanske regjeringen har eid utenfor eget land. Bygningen huser nå Tangier American Legation Museum.
Vellykkede portugisiske forsøk på å kontrollere Atlanterhavskysten i det 15. århundre hadde ikke særlig innvirkning på det det middelhavsorienterte hjertet av Marokko. Etter Napoleonskrigene ble Egypt og det nordafrikanske Maghreb økende uregjerlige fra Konstantinopel. Området ble også et gjemmested for pirater under lokale bejs, og ettersom Europa ble industrialisert, i økende grad sett på som et verdifullt område for kolonisering. Maghreb hadde vist større velstand enn den ukjente delen av Afrika og hadde en strategisk viktig posisjon som hadde innvirkning på utgangen av Middelhavet. For første gang ble Marokko en stat av interesse for de europeiske maktene. Frankrike viste sterk interesse i Marokko så tidlig som i 1830. Britisk anerkjennelse i 1904 av Frankrikes innflytelsesfære i Marokko fremprovoserte en tysk reaksjon. Krisen i juni 1905 ble løst ved Algeciras-konferansen i Spania i 1906 som formaliserte Frankrikes «spesielle posisjon» og delte Marokkos politikk til Frankrike og Spania. En annen marokkansk krise fremprovosert av Berlin økte spenningen mellom de europeiske stormaktene. Fez-traktaten (signert 30. mars 1912) gjorde Marokko til et fransk protektorat. I den samme avtalen overtok Spania rollen som beskytter av de nordlige og sørlige sahariske sonene den 27. november samme år.
Mange marokkanske soldater (goumiere) som tjente i den franske hær hjalp europeiske og amerikanske tropper både i første og andre verdenskrig.
Nasjonale politiske partier som oppstod i fotsporene til det franske protektoratet, baserte sine agrumenter for marokkansk uavhengighet på erklæringer fra andre verdenskrig som Atlanterhavserklæringen, en felles amerikansk–britisk uttalelse som fremmet blant annet folks rett til å velge styreform som de skulle leve under. Istiqlal-partiets manifest (uavhengighets-partiet) i 1944 var et av de tidligste offentlige krav om uavhengighet. Partiet stod senere for det meste av lederskapet av den etterfølgende nasjonalistbevegelsen.


Kong Hassan II av Marokko i møte med USAs forsvarsminister Caspar Weinberger i Pentagon.
Frankrike sendte sultan Muhammed V i eksil til Madagaskar i 1953. Han ble oppfulgt av den upopulære Muhammed Ben Aarafa. Han styre ble oppfattet som illegitimt og utløste aktiv opposisjon mot det franske protektoratet i hele landet. Det mest betydelige skjedde i Oujda hvor marokkanere angrep franske og andre europeiske beboere i gatene. Operasjoner av den nylig opprettede «Armée de Libération» ble satt i gang den 1. oktober 1955. «L'Armée de Libération» ble opprettet av «Comité de Libération du Maghreb Arabe» i Kairo til å være en motstandsbevegelse mot okkupasjonen på samme måte som den nasjonale frigjøringsfronten i Algerie. Dens mål var å returnere kong Muhammed V, men også å frigjøre Algerie og Tunisia. Frankrike lot Muhammed V returnere i 1955, og forhandlingene som førte til marokkansk uavhengighet startet året etter.
Alle disse hendelsene hjalp til med å øke graden av solidaritet mellom folket og den nylig returnerte kongen. Av denne grunn ble revolusjonen kalt «la révolution du Roi et du Peuple» (kongens og folkets revolusjon) og den feires hver 20. august.
Marokko fikk sin politiske uavhengighet fra Frankrike 2. mars 1956, Frankrike oppgav formelt sitt protektorat i Marokko 7. april samme år. Gjennom avtaler med Spania i 1956 og 1958 ble marokkansk kontroll over visse spanskstyrte områder gjenopprettet, selv om forsøk på å kreve andre spanske koloniale områder gjennom militære operasjoner var mindre vellykkede. Den internasjonaliserte byen Tanger ble reintegrert med signeringen av Tanger-protokollen 29. oktober 1956. Hassan II ble konge av Marokko 3. mars 1961. Hans styre var preget av politisk uro og regjeringens hensynsløse respons gav dem kallenavnet «blyårene». Den spanske enklaven Ifni i sør ble del av det nye Marokko i 1969.
Marokko okkuperte og annekterte den tidligere spanske kolonien Vest-Sahara i 1970-årene, men okkupasjonen er folkeretslig kontroversiell, en endelig løsning på territoriets status mangler fortsatt, og den behandles fortsatt i FNs sikkerhetsråd.
Eksperimentelle politiske reformer i 1990-årene resulterte i etableringen av en tokammers nasjonalforsamling i 1997. Marokko ble gitt major non-NATO ally-status i juni 2004 og signerte frihandelsavtaler med USA og EU.
Marokkos største by, Casablanca, ble utsatt for terroristangrep i 2003. Angrepene var rettet mot vestlige og jødiske mål og førte til 33 omkomne og mer enn 100 skadde, hovedsakelig marokkanere